Durch die geografische Lage New Yorks, gelangte bis 1910 keine Fernbahn von Westen oder Süden direkt in Nordamerikas größte Stadt, da der Hudson River ein unüberwindliches Hindernis darstellte. Alle größeren Eisenbahnlinien bauten ihre Bahnhöfe in Jersey City an das Ufer des Hudson. Der Passagierverkehr zwischen Jersey City und New York wurde ausschließlich mit Fähren über den Hudson River durchgeführt.

 

Um die beiden Städte besser zu verbinden, wurde bereits im Jahr 1874 von Jersey aus mit dem Bau eines Tunnels für dampfbetriebene Züge begonnen.

 

 

Das ambitionierte Projekt, den Hudson River zu untertunneln, fand allerdings am 21. Juli 1888 ein jähes Ende, als es in der Baustelle zu einem verheerenden Wassereinbruch kam.

 

 

Die weiter steigenden Passagierzahlen schienen lukrativ genug, um einen neuen Versuch zu unternehmen. 1888 wurde der Bau wieder aufgenommen. Dieser Versuch wurde durch die Geldprobleme der ausländischen Kapitalanleger gestoppt, die sich plötzlich aus dem Projekt zurückzogen.

 

 

 

1901 wurde der dritte Versuch gestartet. Die Strecke war nun elektrifiziert geplant und umfasste nicht nur die ursprünglich geplanten und angefangenen "Uptown Tunnels" (heutige Verbindung von New Jersey - 33rd Street), sondern auch 3 weitere Strecken. Geplant waren: eine südliche Untertunnelung (Exchange Place - heutiges WTC), eine Verbindung unter allen Fernbahnhöfen von Jersey City und Hoboken (Hoboken - Exchange Place) sowie eine oberirdische Strecke Richtung Newark. Der Bau begann 1903. Dieser dritte Versuch gelang endlich. Der Verkehr wurde am 18. Juli 1908 in der nördlichen Untertunnelung aufgenommen. 1909 wurde das zweite Tunnelpaar, sowie die Verbindung zwischen Hoboken und Exchange Place eingeweiht. 1911 begann der Betrieb auf den restlichen Teilen der Strecke.

 

 

Die Route war zu ihrer Zeit ein Meisterwerk der Ingenieurskust und ist das erste Massentransportmittel, welches eine größeren Fluß untertunnelte.

 

Am 11. September 2001 wurde die Station World Trade Center nahezu vollkommen zerstört. Da Exchange Place nicht als Kopfbahnhof konzipiert war, war er nahezu nutzlos und musste bis Juni 2003 geschlossen werden, obwohl die Station nur am Ostende schwere Schäden durch Wassereinbrüche aufwies, ansonsten aber intakt war. Diese Zeit wurde genutzt um die Station komplett zu renovieren und zu vergrößern.

Mit der Eröffnung der temporären "World Trade Center Station" im November 2003 konnten nun auch die "Downtown Tunnels" wieder normal betrieben werden.